Рядом с церковью, в том же 1863 году, построили одноэтажное кирпичное здание русской церковно-приходской школы, которое просуществовало до 2013 года. Сейчас на этом месте по ул. Каяни расположен современный детский сад «Сказка». В 1904 году взамен деревянной закладывается новый монументальный пятиглавый Софийский храм. Авторство проекта приписывается ростовскому архитектору В. В. Попову. Церковь была освящена в 1912 году. Летом 1917 года недалеко от Софийской церкви, на одноименной площади (ныне эта площадь носит название Театральная), происходили бурные политические собрания и демонстрации.

Новая каменная Софийская церковь просуществовала менее четверти века. В 1934 году церковь закрыли, здание храма стали разбирать. После удаления всех боковых стен храма его главный купол ещё долго покоился на четырёх пилонах, сиротливо выделяясь на фоне ростовского неба. Когда дошла очередь и до него, под колонны храма заложили взрывчатку, и остатки прекрасного сооружения в одно мгновение превратились в груду битого кирпича.

Около места, где некогда стояла русская православная церковь Святой Софии, вскоре и было построено здание средней школы № 90, гостеприимно распахнувшей двери 1 сентября 1938 года. Первым директором школы стала Муращенко Анастасия Алексеевна, которая проработала директором до 1941 года. В здании новой школы разместилось 34 класса, в которых обучалось 1300 учащихся. Получая хорошие знания, они приобщались к активной общественной работе. Пионерская дружина школы сдружилась с водниками Речного пароходства, комсомольская организация школы № 90 в те годы считалась лучшей организацией в городе не только по учёбе, но и по комсомольским делам. 20 июня 1941г. был первый выпуск 3-х десятых классов. А на рассвете все выпускники вместе со своими учителями отправились встречать рассвет на берег реки Дон. Шли через парк им. Октябрьской революции. Это было 21 июня 1941 года

Во время войны в здании школы был размещён госпиталь (1943- 1944 г.), а после освобождения города Ростова-на-Дону в здании школы разместилась артиллерийская спецшкола № 11 – одна из пятнадцати, созданных по России. Военная биография выпускников этой школы началась с объявления, помещенного в газете «Молот» в июне далекого-далекого 1937 года. В нем сообщалось, что ростовская спецшкола № 11 производит набор учащихся в 8-9-10-е классы. Окончившие эту школу автоматически зачислялись в артиллерийские училища страны.

Создание таких школ стало в то тяжелое время одним из важнейших мероприятий, способствующих выращиванию кадров командного состава артиллерии. Учащиеся, окончившие артспецшколы, приходили в артиллерийские училища со знанием уставов Красной Армии, основ воинской службы, устройства и действия артиллерийских орудий, стрелкового оружия, приборов, правил стрельбы наземной артиллерии и других премудростей армейской службы. По сравнению с курсантами, окончившими 10 классов в обычной средней школе, "спецы" были намного лучше подготовлены к изучению на более высоком уровне не только военных предметов, но и общеобразовательных дисциплин. Кроме того, они выделялись физическим развитием, дисциплинированностью и крепкой товарищеской сплоченностью.

Пройдя ускоренный курс обучения (3-6 месяцев вместо 2 лет), выпускники училищ направлялись на фронт. В отношении школьников, достигших к окончанию школы призывного возраста (в 1939 г. призывной возраст был понижен с 19 лет до 18), было принято такое решение: "Учащимся 10 классов 1925 года рождения, призванным в 1942-1943 гг. в ряды Красной Армии, выдать аттестаты об окончании средней школы без испытаний, руководствуясь оценками за первое полугодие 1942-43 учебного года, а по арифметике, конституции, географии, естествознанию и рисованию - за соответствующие классы".

Около двух тысяч учеников Ростовской артспецшколы воспитывались в духе преданности и любви к своему Отечеству, к народу. Они составили хорошее пополнение для военных училищ, прошли огненными фронтовыми дорогами. Отважно сражались воспитанники школы в боях за родной город. Там, где осенью сорок первого года отличились артиллеристы Сергея Оганова, несколько месяцев спустя на смерть стояла батарея Александра Русейкина. В 17-18 лет ребята командовали подразделениями, отражая яростные атаки немецких фашистов под стенами родного города. Они до конца исполнили свой долг по защите Родины, а когда смолкли залпы Отечественной, еще много лет отдали армии, несли воинскую службу, в артиллерии, ракетных войсках. Не все дожили до Победы, осознанно совершая подвиги, жертвовали собой, защищая Советскую социалистическую Родину. Об этом свидетельствуют факты и цифры. 1600 выпускников воевали на фронтах Великой Отечественной войны, более 600 из них - погибли.

Тысячи орденов и медалей украшали и украшают бывших молодых пушкарей, трое из которых стали Героями Советского Союза. Вот их имена:

С 1957 года школа становится смешанной. С 1973 по 1987г педагогический коллектив школы работал под руководством Поповой Александры Ивановны.

При её активном участии в 1978г. в школе был открыт Музей боевой славы артспецшколы № 11, который хранит материалы и документы тех исторических лет, и продолжает летопись истории школы. Здесь представлены многочисленные документы, фотографии, реликвии; красочно оформленные экспозиции рассказывают о различных этапах жизни школы, ее сегодняшнем дне.

Здесь ежегодно 11 ноября в День артиллерии собираются воспитанники спецшколы, чья жизнь богата волнующими событиями, и эти встречи оставляют след в юных сердцах, помогают лицеистам в выборе жизненного пути. Жизнь, её уклад, нормы, ценности, мораль круто изменились. Но какие бы катаклизмы не сотрясали нас, многие ростовчане, как и раньше, делают свой выбор. Их выбор - это служение Родине. Низкий поклон и сердечное им спасибо!

В 2003 году средней школе № 11 был присвоен статус естественнонаучного лицея - образовательного учреждения, реализующего естественнонаучное образование в условиях личностно-ориентированного подхода. Сегодня МАОУ «Лицей № 11» являет собой социально-педагогический комплекс, в котором гармонично сочетается общее и дополнительное образование, направленное на расширение сферы образовательных услуг, углубленное изучение профильных естественнонаучных дисциплин, развитие способностей и склонностей обучающихся в сфере их образовательных интересов, развитие ранней профессиональной подготовки медицинских работников.

Система предпрофильной подготовки и профильного обучения помогает нашим лицеистам не в выборе профессии, а в поиске ресурсов для самостоятельного формирования собственного образовательно-профессионального формата, что дает возможность по окончании лицея получить мотивированных выпускников, готовых к профессиональному самоопределению.

Лицей помогает подросткам самим начать построение своей временной перспективы, спланировать своё будущее; придает этой деятельности систематический характер и помогает осуществлять её осознанно. Модель, которая сложилась в лицее, создает условия для приоритетного освоения старшеклассниками тех учебных дисциплин, которые в наибольшей степени соответствуют их индивидуальным интересам и потребностям, следовательно, способствует выстраиванию жизненной стратегии развивающейся личности.

В настоящее время педагогический коллектив работает под руководством Потатуевой Валентины Олеговны, учителя высшей квалификационной категории, победителя конкурса лучших учителей России в рамках приоритетного образовательного проекта «Образование» в 2007 году, победителя муниципального этапа и лауреата Всероссийского конкурса «Директор школы 2012».

Сегодня Лицей продолжает двигаться вперёд, сохраняя лучшее, что было в истории и преумножая достижения и победы. Время, вперёд! Вот неизменный девиз и директора, и коллектива!

Несмотря на почтенный возраст, сегодня лицей остается по прежнему молодым, бережно хранит свою историю и традиции и не перестает быть родным домом для более чем 6 тысяч выпускников, которые с гордостью и надеждой приводят сюда своих детей и внуков!